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馬偕醫學院是台灣第12所醫學院，比起1880年就創始的馬偕醫院，晚了一百多年。馬偕醫院從1995年就開始籌設醫學院，希望培養效法馬偕博士「寧願燒盡不願銹壞」精神的醫療專業人才，終於在今年的3月30日獲教育部核准立案招生。
馬偕醫學院在台北縣三芝鄉，面積19公頃，校舍採英式建築風格，參考「牛津學堂」、「英國領事館」。緊臨馬偕護專，兩校未來將合併成立馬偕大學。第一任校長為陽明大學分生所研究所特聘教授魏耀揮。
籌備處主任方菊雄，也曾籌備過慈濟醫學院，他指出，即使是宿舍都是英國式配置，四個房間共同使用一個客廳和廚房，培養學生團隊的概念。
初期將先成立醫學系與護理系，今年參加大學指考分發，各招收40 人。醫學系採計國、英、數甲、物理、化學、生物，每科都以原始分數計算。護理系採計科目與醫學系相同，但國、英、生物都加重計分50%。
未來馬偕大學招生名額為2000人。馬偕醫學院也將與陽明大學策略聯盟支援師資與課程。
馬偕也有優惠方案向有實力考上公立大學的考生招手。方菊雄說，不會重金搶人，「因為這樣太功利導向」，會誤導學生。只要今年指考分數可上國立醫學系或護理系的考生，選擇到馬偕就讀，學雜費比照公立學校。
馬偕並提供「公費生就學獎助金」，家境有困難的學生不必為錢發愁，但相對畢業後要到醫院服務。若無法爭取到校內公費名額，也會有其他獎學金補助，培養願意服務人，具有愛心，專業能力又強的醫療人才。
方菊雄說，馬偕醫院有四個分院，另外基督教長老教會還有彰化基督教醫院與新樓醫院兩個醫療體系，未來出路也很廣。
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